Une grande bataille fait rage au dessus de Coruscant entre les forces de la République et celles des Séparatistes; le Général Obi-Wan Kenobi et son aprenti Anakin Skywalker sont chargés de liberer le chancelier palpatine des griffes du général Grievous . Un groupe de clones les escortent donc à travers la bataille pour leur frayer un chemin jusqu'à L'invisible Hand, le vaisseau tant redouté du général Grievous.
Alors que la bataille fait rage, les deux Jedi réussissent à poser leurs vaisseaux à l'intérieur de la baie d'atterrissage du vaisseau de Grievous, où ils sont rapidement attaqués par de nombreux droïdes. Les Jedi s'échappent par les conduits d'aération, prennent ensuite un ascenseur à l'aide de R2 et se retrouvent face à face avec le Comte Dooku, le leader Séparatiste.
S'ensuit alors un combat au sabre laser ou Obi wan rendu inconscient n'assistera pas à la décapitation de Dooku par Anakin. Celui-ci, avec Obi wan sur les épaules et suivi par le chancelier palpatine s'enfui : le vaisseau ayant été grandement endommagé pendant la bataille. Anakin essaie de maîtriser le vaisseau, sur le point de s'écraser sur la surface de Coruscant. Il en reprend partiellement le contrôle et réussi à le faire atterrir sans trop de dégats. Des vaisseaux de Coruscant viennent ensuite éteindre les feux qui ravagent le vaisseau.
Le Chancelier est en sécurité, les Séparatistes affaiblis : la mort de dooku remet le pouvoir des Séparatistes entre les mains du général Grievous qui s'était enfui pendant la bataille. Anakin est, à son retour acclamé comme héros de guerre.
Le Chancelier Palpatine et son groupe de Sénateurs entrent à l'intérieur du Sénat où la Sénatrice Amidala les rejoint. Elle annonce à Anakin qu'elle est enceinte mais ne le montre à personne, le code Jedi interdisant les relations amoureuses...
Palpatine parlera ensuite au Sénat, leur expliquant que les Séparatistes sont maintenant sans chef et en pleine retraite; une opportunité dont les forces de la République doivent tirer avantage sans perde de temps s'ils veulent vaincre les Séparatistes. Les Séparatistes en déroute doivent être détruits sous le commandement des Jedi.
Le conseil Jedi décide alors d'envoyer Obi-Wan pour traquer le Général Grevious, laissant Anakin sans assignement. La fierté d'Anakin en est grandement éprouvée, ayant tué Dooku et sauvé le Chancelier Suprême tout seul. Palpatine, bien au courrant de cela, utilise cette opportunité pour demander Anakin comme garde du corps personnel, une tache à laquelle Anakin rève depuis longtemps ; le Chancelier Suprême ayant soutenu Anakin durant plusieurs années déjà.
Alors qu'Anakin s'en va rejoindre le Chancelier Palpatine, Bail Organa, le Sénateur et le vice-roi d'Alderaan, tiennent une assemblée du comité de Loyalistes dans les appartements de Padmé. Les Loyalistes se souviennent de la promesse de Palpatine de se défaire de ses pouvoirs d'urgence une fois que la guerre sera terminée, et ils croient que le temps en est maintenant venu.
Au même moment, les Jedi et les clones chassent les dernières forces Séparatistes et les forcent à se sauver partout à travers la galaxie. Yoda dirige les troupes dans la bataille de Kashyyyk, une planète forestierre habitée par les Wookies.
Une fois le général Grievous mit hors d'état de nuire par Obi wan sur Utapau, le chancelier palpatine n'a plus aucunes raisons de rester chancelier suprême.
Pendant ce temps Anakin apprend que Palpatine est un seigneur sith et en informe immédiatement le conseil : Mace Windu suivit de Kit Fisto, Saesee Tinn et Agen Kolar s'envolent vers les appartements privés du chancelier.
Les maitres Jedi arrivent alors devant palpatine qui, irrité dégaine son sabre et leur fonce dessus, Agen Kolar meurt immediatement, suivi de près par Saesee Tinn et Kit Fisto. S'ensuit alors un combat entre Mace Windu et Palpatine. Au même moment, Anakin, qui, énérvé de ne pas avoir eu le droit de suivre Mace Windu, s'envole vers le Sénat...Il entre dans la chambre alors que Mace est sur le point de terrasser Palpatine, affaiblit. anakin sans cesse manipulé par le chancelier finit par trancher le bras de Windu alors que celui-ci allait en finir une fois pour toute avec les siths.
Palpatine appelle ensuite Dark Vador un anakin qui s'en remet entre ses mains pour acquerir des pouvoirs assez puissants pour pouvoir sauver Padmée de la mort. Dark Vador est alors chargé de tuer tous les dirigeants Séparatistes encore en vie, retranchés sur Mustafar.
Dans la session du Sénat qui s'ensuit, le Comité de Loyalistes demande à Palpatine de rendre ses pouvoirs d'urgence maintenant que la guerre est terminée. À la surprise de plusieurs Sénateurs, Palpatine refuse. Il affirme qu'une nouvelle menace pèse sur la République, les traîtres Jedi. Palpatine pour convaincre les Sénateurs , leur fait part de la tentative d'assassinat qu'il à soit disans subit. Palpatine garde donc ses pouvoirs dictatoriaux et proclame l'Empire Galactique. Il commande aussi aux forces de la République de traquer et d'assassiner tous les Jedi.
Des jedi sont alors assassiné dans toute la galaxie par les soldats clones, de plus Dark Vador est chargé de se rendre au temple Jedi pour éliminer tous les Jedi...Seuls Obi wan et Yoda réussissent à tromper la vigilance des clones, les autres étant tous exterminés...
Obi wan reprend contact avec yoda et décident de retourner au temple jedi ou ils découvrent alors qu'anakin est devenu un seigneur sith...Yoda ordonne à Obi wan de tuer son ancien padawan, lui même se chargera de Palpatine.
Obi wan se rend sur Mustafar en se cachant dans le vaisseau de padmée pour éliminer Dark Vador. Lorsque celui-ci voit Obi wan dans le vaisseau de sa femme il croit à une trahison et étrangle celle-ci. S'ensuit un combat entre le maître et son apprenti, ou anakin se verra coupé les deux jambes et le bras gauche et s'enflammeras en touchant la lave.
Obi-Wan recueille ensuite Padmé, mourante, et s'en vas rejoindre yoda et Bail Organa. Padmé accouche dans le vaisseau de Luke et de Leia. Obi wan emmene Luke avec lui sur Tatooine et Bail prend Leia et l'emmene sur Alderaan.
Anakin est ensuite secouru par Palpatine et est recouvert de pièce mécanique pour lui permettre de rester en vie. Quand il se réveille, il se fait dire qu'il est responsable de la mort de Padmé. Furieux, Anakin démolit la salle entière où il est.
Sur Tatooine, Obi-Wan demande aux Lars de prendre Luke et de l'élever comme un membre de leur famille. Il leur dit qu'Anakin est mort dans la Guerre des Clones. Owen blâme Obi-Wan pour le sort horrible qu'Anakin a subi, lui disant qu'il n'aurait jamais dû le faire partir de Tatooine. Mais, Owen et Beru acceptent tout de même de prendre Luke, mais ne veulent plus revoir Obi-Wan. Obi-Wan décide alors de s'appeler Ben, s'installe dans une petite hutte dans le désert, pour garder un ½il sur Luke, espérant qu'il sera leur prochain espoir.