Qui-Gon Jinn est un maître Jedi d'une grande sagesse, très réceptif à la Force, et qui a également une grande compassion pour tous les êtres vivants. Il est considéré comme un rebelle par les autres Jedi et n'hésite pas à défier l'autorité du Conseil. Le début de sa carrière fut marqué par un important échec: son deuxième padawan, du nom de Xanatos, s'avéra être un élève difficile. Au moment de l'épreuve finale qui devait faire de lui un chevalier Jedi, son père lui demanda de l'aider à prendre le contrôle d'une planète. Qui-Gon fut alors impliqué dans une guerre civile et dut combattre son élève. Ne pouvant se décider à le tuer, il le laissa prendre la fuite. Hanté par cet échec, Qui-Gon refusa dès lors de prendre un autre padawan. Jusqu'au jour où il déjoua, avec l'aide d'Obi-Wan Kenobi, un jeune Jedi qu'il avait refusé de prendre comme padawan malgré l'insistance de maître Yoda, un complot mené contre lui par Xanatos. Même si son ancien élève réussit une nouvelle fois à prendre la fuite, Qui-Gon avait enfin surmonté son échec, et il se concentra à la formation d'Obi-Wan, qu'il prit finalement comme padawan. Ils vécurent ensemble de nombreuses aventures, voyageant à travers toute la galaxie.
A la fin de la formation d'Obi-Wan, les deux Jedi furent envoyés sur Naboo afin de régler un conflit entre la reine Amidala, et la Fédération du Commerce, qui imposait un blocus sur la planète. Les négociations tournèrent court et la reine, accompagnée des Jedi, s'enfuit de Naboo et se rendit à Coruscant pour plaider sa cause au Sénat. Lors d'une escale forcée sur la planète Tatooine, Qui-Gon fit alors la connaissance d'Anakin Skywalker. Ayant découvert que la Force était très présente en lui, Qui-Gon décida de le former, estimant qu'Obi-Wan pouvait désormais prétendre au titre de Chevalier Jedi. Mais le Conseil des Jedi ne lui donna pas l'autorisation et Qui-Gon décida une nouvelle fois de lui désobéir. De retour sur Naboo, Qui-Gon et Obi-Wan durent affronter Dark Maul, un Sith à leur recherche depuis leur fuite de Naboo. Malgré son habileté, Dark Maul, plus jeune et plus rapide que lui, parvint à tuer Qui-Gon à la suite d'un violent combat au sabre-laser, avant d'être lui-même éliminé par Obi-Wan. Qui-Gon eut droit à des funérailles Jedi, en présence des maîtres Jedi du Conseil, et de tous les hauts dignitaires de la planète Naboo. Obi-Wan exécuta ensuite les dernières volontés de son maître, en prenant en charge la formation du jeune Anakin.
Après sa mort Qui Gon essaya, grâce à la Force, de dissuader Anakin d'eliminer la tribu tasken qui emprisonna sa mère jusqu'a ce qu'elle meurt dans les bras de son fils, mais ce fut un échec.